Raziskovalno delo Nine Zupančič združuje znanje mineralogije, geokemije, petrologije in statistike za razlago nastanka in razvoja različnih naravnih in umetnih geoloških materialov. Ključne teme petrologije zajemajo genezo pohorskih magmatskih kamnin ter nastanek vulkanoklastičnih in glinenih sedimentov v različnih sedimentnih zaporedjih. Na področju okoljskih ved je ocenila onesnaženost tal ob cestah, v zaledju Kopra, v peskovnikih in tleh v celjskih vrtcih. Ukvarjala se je z interpretacijo medplastovnega materiala in pedogenimi procesi na različnih matičnih podlagah, ohranitvijo geokemičnih signalov med preperevanjem ter kazalniki spiranja talnih profilov. Geoarheološke študije vključujejo določanje izvora keramike, žlindre, marmornih spomenikov in kamnitih artefaktov. Krasoslovni problematiki se posveča z ugotavljanjem izvora temnih prevlek in akcesornih mineralov v kapnikih ter povezavo med radiometričnimi zapisi v oglju, najdenem v sigi in tleh. Posveča se tudi možnosti uporabe različnih izotopov za razlago problematike življenja jamskega medveda. Pomembnejši dosežki vključujejo več znanstvenih objav in sodelovanja v domačih ter bilateralnih projektih. Kot vabljena predavateljica sodeluje z geološkimi oddelki univerz v Beogradu, Catanii, Solunu in Clausthalu. Nadaljnje raziskave usmerja predvsem v možnosti uporabe netradicionalnih stabilnih izotopov v različnih geoloških materialih, karakterizacijo in dinamiko PM delcev v kraških jamah in na območju Mežice ter razvoj in izvor tal na krasu.

Malenšek Andolšek, N., Lojen, S., Zupančič, N. 2026: The natural attenuation of bioavailable sulfur loads in soil around a coal-fired power plant 20 years after ceasing pollution: the case of Plomin, Croatia. Sustainability 18(2), 1–17. 

Miler, M., Zupančič, N., Šebela, S., Jarc, S. 2024: Natural and anthropogenic impact on the microclimate and particulate matter in the UNESCO show cave. Environmental science and pollution research 31, 48313–48331. 

Kastelic Kovačič, U., Debeljak, I., Potočnik, D., Ogrinc, N., Zupančič, N. 2024: A novel ontogeny-related sampling of dental tissues for stable isotopes interpretation of the paleobiology of the cave bear. Quaternary science reviews 325, 108481, 1–11

Ilenič, A., Mauko Pranjić, A., Zupančič, N., Milačič Ščančar, R., Ščančar, J. 2024: Fine particulate matter (PM2.5) exposure assessment among active daily commuters to induce behaviour change to reduce air pollution. Science of the total environment 912, 169117, 1–10. 

Rožič, B., Kocjančič, A., Gale, L., Zupančič, N., Popit, T., Vodnik, P., Kolar-Jurkovšek, T., Brajkovič, R., Žvab Rrožič, P. 2024: Architecture and sedimentary evolution of the Ladinian Kobilji curek basin (External Dinarides, central Slovenia). Swiss journal of geosciences 117, 1–24

Čeplak, B., Miler, M., Zupančič, N., Jarc, S. 2023: Heavy minerals as indicators of source material in soils on carbonates. Geoderma regional 35, 11 pp. 

Turniški, R., Zupančič, N., Grčman, H. 2023: Geochemical evidence of illuvial processes in clay-rich soils on limestones in a humid temperate climate. Geoderma. 429, 116266. 10.1016/j.geoderma.2022.116266.

Gerčar, D., Zupančič, N., Waśkowska, A., Pavšič, J., Rožič, B. 2022: Upper Campanian bentonite layers in the Scaglia-type limestone of the northern Dinarides (SE Slovenia). Cretaceous research 134, p. 1-20. 10.1016/j.cretres.2022.105158.

Kos, S., Zupančič, N., Gosar, M., Miler, M. 2022: Solid carriers of potentially toxic elements and their fate in stream sediments in the area affected by iron ore mining and processing. Minerals 12, pp. 22. 10.3390/min12111424.

Zupančič, N., Bozau, E. 2021: Efect of the coronavirus pandemic lockdown to elemental composition of peat mosses. Environmental science and pollution research, pp. 1-13. 10.1007/s11356-021-17564-6.

Zupančič, N., Miler, M., Ašler, A., Pompe, N., Jarc, S. 2021: Contamination of children's sandboxes with potentially toxic elements in historically polluted industrial city. Journal of hazardous materials, pp. 1-45. 10.1016/j.jhazmat.2021.125275.

Šoster, A., Zavašnik, J., OʼSullivan, P., Herlec, U., Potočnik Kranjc, B., Palinkaš, L. A., Zušančič, N., Dolenec, M. 2020: Geochemistry of Bashibos-Bajrambos metasedimentary unit, Serbo-Macedonian massif, North Macedonia : implications for age, provenance and tectonic setting. Chemie der Erde, pp. 44. 10.1016/j.chemer.2020.125664.

Oprčkal, P., Mladenovič, A., Zupančič, N., Ščančar, J., Milalič, R., Zalar Serjun, V. 2020: Remediation of contaminated soil by red mud and paper ash. Journal of cleaner production 256, p. 1-10. 10.1016/j.jclepro.2020.120440.

Zupančič, N., Šebela, S., Miler, M. 2011: Mineralogical and chemical characteristics of black coatings in Postojna cave system. Acta carsol., 40/2, 307-317.

Skobe, S., Maniatis, Y., Dotsika, E., Tambakopoulos, D., Zupančič, N. 2010: Scientific charaterization of the Pohorje marbles, Slovenia. Archaeometry, 52/2, 177-190.

Skobe, S., Zupančič, N. 2009: A cathodoluminescence and petrographical study of marbles from the Pohorje area in Slovenia. Chem. Erde, 69/1, 75-80.

Márton, E., Trajanova, M., Zupančič, N., Jelen, B. 2006: Formation, uplift and tectonic integration of a Periadriatic intrusive complex (Pohorje, Slovenia) as reflected in magnetic parameters and palaeomagnetic directions. Geophys. j. int., 167/ 3, 1148-1159.

Dobnikar, M., Dolenec, T., Zupančič, N., Činč Juhant, B. 2001: The Karavanke Granitic Belt (Slovenia) - a bimodal Triassic alkaline plutonic complex. Schweiz. Mineral. Petrogr. Mitt., 81, 23-38.

Zupančič, N., Pirc, S. 1999: Calcium distibution in soil and stream sediments in Istria (Croatia) and the Slovenian littoral. J. geochem. explor., 65, 205-218.

Zupančič, N. 1999: Lead contamination in the roadside soils of Slovenia. Environ. geochem. health, 1/21, 37-50. 

• Paleontologija in sedimentarna geologija (raziskovalni program • 01. januar 2018 - 31. december 2023)
• Extreme Earth. Celostni pristop k preučevanju vplivov ekstremnih vremenskih dogodkov na procese na Zemljinem površju (01. januar 2025 - 31. december 2027)
• Sedimentarna evolucija zgornjekrednih globokomorskih bazenov v Dinaridih (SECret) (01. november 2023 - 31. oktober 2026)
• Paleontologija in sedimentarna geologija (raziskovalni program • 01. januar 2024 - 31. december 2029)

Pedagoška dejavnost

• Redna profesorica na Oddelku za geologijo, NTF, Ul, kjer predava Statistiko, Geokemijo, Okoljsko geologijo, Vulkanologijo in Geomedicino. Mentorica 51 diplomantom, 10 magistrantom in 7 doktorandom.

Priznanja in nagrade

• Fakultetna Prešernova nagrada za diplomsko delo, 1988
• Priznanje Jožefa Mraka, NTF - za vrhunsko raziskovalno delo na področju geologije in geokemije ter za izjemno pedagoško poslanstvo, 2025.

Članstvo v uredništvih, odborih, društvih ipd.

• Članica uredniškega odbora revij Geologija, RMZ - Materiali in geookolje, Mineralne surovine v letu ...